丹皮定植后3—5年即可收获，以4年为佳。

8月牡丹苗采收者称伏货，水分较多，容易加工，牡丹质韧色白，但其质量和产量均偏低。

10月牡丹苗采收者称秋货，质地较硬，加工较难，但其质量和产量均较高。牡丹苗采挖要选在晴天进行，将植株根部全部挖出，抖去泥土，剪下鲜根，置阴凉处堆放1—2天，待其稍失水分而变软（习称跑水），除去须根（丹须），用手握紧鲜根，扭裂根皮，抽出木心。优质牡丹药材凤丹皮均不刮皮，直接晒干。根条较粗直、粉性较足的根皮，用竹刀或碎碗片刮去外表栓皮，晒干，即为刮丹皮，又称刮丹、粉丹皮。根条较细、粉性较差或有虫疤的根皮，不刮外皮，直接晒干，称连丹皮，又称连皮丹皮、连皮丹、连丹。牡丹在加工时，根据根条粗细和粉性大小，按不同商品规格分开摊晒，以便投售。